Os problemas gastrointestinais que acometem os animais de estimação podem variar desde a mais simples gastrite, passando pelo refluxo gastro-esofágico, até os tumores de estômago e intestino.

Uma das maneiras mais eficientes de se identificar estes problemas é através da realização do exame endoscópico, que permite visualizar as alterações ao vivo e a cores através de um monitor de vídeo.

A endoscopia também pode ser útil não só para o diagnóstico, mas também para a realização de procedimentos terapêuticos. Um bom exemplo é a retirada de corpos estranhos que poupam tanto os animais como os proprietários dos incômodos de uma cirurgia.

Atualmente é possível até realizar cirurgias com ajuda dos endoscópios. São as chamadas cirurgias de mínima invasão também conhecidas como cirurgias vídeolaparoscópicas através das quais o paciente pode ser operado através de pequenos orifícios. A principal vantagem é a recuperação mais rápida do animal operado bem como a diminuição da contaminação do campo operatório.

Atualmente, várias áreas do corpo dos animais podem ser examinadas pela endoscopia como por exemplo: Fossas nasais, traquéia e até mesmo a uretra e a bexiga urinária. Tais exames são possíveis quando se introduz um endoscópio de espessura de 2,5mm de diâmetro e permitem, no caso da bexiga urinária e uretra, a retirada de cálculos.