A cirurgia é a especialidade médica caracterizada pela realização de procedimentos invasivos com finalidade terapêutica, e/ou diagnóstica. O objetivo terapêutico é a correção de lesões ou deformidades para preservar a vida e a saúde dos animais, restaurando as funções dos tecidos acometidos. Pode também, elucidar diagnósticos que estão aquém de exames clínicos e complementares. Integra várias especialidades e profissionais, como clínicos, anestesistas e intensivistas a fim de proporcionar conforto e analgesia nos períodos pré, trans e pós-operatórios.

Nas cirurgias eletivas não há risco de vida imediato, pode-se agendar o procedimento e preparar o paciente de acordo com a necessidade cirúrgica. O exemplo mais comum na medicina veterinária é a ovariosalpingohisterectomia (OSH) e orquiectomia, mais conhecida como esterilização e ou castração de fêmeas e machos respectivamente. A cirurgia emergencial é aquela que necessita de intervenção o mais rápido possível. São exemplos as esplenectomias, rupturas vesicais e diafragmáticas.

O complexo cirúrgico do hospital é equipado com sala de esterilização, sala de preparo do paciente, sala de preparo da equipe cirúrgica, sala de recuperação e o centro cirúrgico. A equipe cirúrgica está disponível 24 horas por dia.